مسیری که رجاءبن ابی ضحاک برای آوردن امام رضا(ع)‌از مدینه به مرو طی کرد،نه ازبغداد،بلکه از مدینه به بصره،از آنجا به خوزستان،سپس به یـزد،طبس و نیشابور و از آنجا به سمت مرو بود. خطیب بغدادی نوشته است:احمدبن ابی‌طاهر در کتاب تاریخ بغداد می‌نویسد:مأمون نامه‌ای به علی بن موسی(ع)نوشته که با رجاءبن ابی ضحاک بیاید.او نیز وی را از طریق بصـره،اهـواز،و جبال اصبهان عبور داده به خراسان آمد.تعبیر «جبال اصفهان» طبعا دقیق نیست،بلکه حرکت از اهواز به سمت بهبهان،ابـرقو و از آنجا به سوی یـزد و ازطریق کویر به سمت نیشابور بوده است.

ابن نجّار،در روایت مسند دیگری از حاکم نیشابوری آورده است که گفت:‌علی بن موسی الرضا سال 200 وارد نیشابور شد.زمانی که رجاءبن ابی ضحاک به دستور مأمون او را ازمدینه به بصره ،از آنجا به اهواز،فارس،سپس به نیشابور - از طریق بست - آورده و دستور داده بود که راه جبال [مرکز ایران] را طی نکند.وقتی رضا به نیشابور رسید و مدتی در آنجا ماند،مأمون در مرو بود و دستور داد که وی را به آنجا ببرند.
درباره مسیر امام رضا(ع) تحقیق مستقلی صورت گرفته و افزون بر شرحی در باب راه ها‌،آثار برجای مانده از نقاط توقف امام نیز بر اساس متون مورد بحث قرار گرفته است.
نکته مهم آن است که توجه به حفظ آثار برجاى مانده از مسیر امام در شهرها و مناطقى که به نحوى محل استقرار امام بوده، نشان از علاقه ویژه شیعى در میان مردم است،هر چند ممکن است درباره برخى از این مکانها و ارتباط آنها با امام رضا(ع) خبر درستى در دست نداشته باشیم.
به عنوان نمونه،مسجد امام رضا در اهواز یکى از قدیمى‌ترین نقاطى است که در ایران به نام امام رضا(ع) وجود دارد.جداى از ابودلف،یاقوت هم از پل شوشتر در اهواز و مسجدى که به نام امام رضا(ع) روبروى آن بوده یاد کرده است.دو نقطه منسوب به امام رضا(ع)در شهر شوشتر است یکى از آنها کمى دورتر از پل شاه على و لشکر و دیگرى در شرق شوشتر نزدیک رودخانه شطیط بر این بناى دوم تاریخى از سال 1094 دیده مى‌شود.
قدمگاه دیگرى هم در شرق شهر دزفول موجود است.همه اینها به نام امام رضا(ع) دیمى قرار دارد که این دیمى نامى برگرفته از منطقه است.دو بقعه دیگر،یکى در دزفول و دیگرى در شوشتر با نام شاخراسون وجود دارد.دو بقعه دیگر در شوشتر با نام هاى امام ضامن در حوالى کنارستان و«بقعه امام رضا»در حوالى بلوک عقیقى وجود دارد.محلى هم به عنوان قدمگاه امام رضا در جنوب آبادى کهنک در حوالى شوشتر وجود دارد.

در شهر ارجان که در قدیم شهر آبادى بوده و اکنون در یک فرسخى آن بهبهان با قدمت سیصد ساله وجود دارد،محلى با نام قدمگاه یا مسجد امام رضا است که گفته شده حضرت در حرکت خود به خراسان در اینجا نماز خوانده‌اند.
مسجد قدمگاه امام رضا در ابرقو، مشهور به مسجد بیرون هم از اماکنى است که شناخته شده و آثارى از آن برجاى مانده است.

در شهر یزد هم چندین قدمگاه وجود دارد.از جمله آنها قدمگاه خرانق(مشهدک)است.خرانق در شصت کیلومترى شهر یزد قرار دارد.تاریخ این قدمگاه بر اساس کتیبه موجود در آن مکان به قرن ششم هجرى باز مى‌گردد.در این کتیبه آمده است:
لااله الا اللّه،محمد رسول اللّه، امیرالمؤمنین به تاریخ ست و تسعین مائة على بن موسى الرضا اینجا رسیده است و در این مشهد فرود آمد و مقام کرد و به تاریخ سنه اثنى و تسعین و خمسمائه خراب بوذ و از جهد بوبکر بن على ابى‌نصر فرموذنذ و به دست ضعیف پرگناه یوسف بن على بن محمد بنا واکرده شذ خذایا بر آن کس رحمت کن کى یک بار قل هو الله به اخلاص در کار آنک فرموذ و آنک کرد و آنک خواند کنذ کتبه یوسف بن على بن محمد فى شهر ربیع الاول سنة خمس و تسعین و خمسمائة.

به یقین درآن حوالى شیعیانى زندگى مى‌کرده‌اند که این بقعه را سرپا نگاه داشته‌اند.اثر تاریخى دیگر مربوط به آثار سفر امام رضا(ع) قدمگاه ده شیر در فراشاه است.این قدمگاه در کنار جاده تفت به ده شیر و در مرکز فراشاه قرار دارد.کتیبه‌اى که در محراب بناى آن وجود دارد حکایت از آن می کند که گرشاسب بن على از امراى کاکویه دیلمى درسال 512 آن مکان را ساخته است.بناى مزبور در همان عصر به نام مسجد مشهد على بن موسى الرضا شهرت داشته و کتیبه آن برجای مانده است.در پایان این کتیبه آمده است: امر بعمارة هذا المسجد المعروف بمشهد على بن موسى الرضا(علیهما السلام)العبد المذنب الفقیر الى رحمة‌الله تعالى کرشاسب بن على بن فرامز ابن علاءالدوله تقبل الله منه فى شهور سنة اثنى عشرة و خمس مائة.
در محله دارالشفاى یزد،مسجدى با نام مسجد فُرط یا پتک وجود دارد که بسیار کهن و قدیمى است.داستان بناى این مسجد به زمان خروج ابومسلم خراسانى بر میگردد.گفته شده است که امام رضا(ع)چون در سفرخراسان به یزد آمد دراین مسجدنماز گزارد.اکنون نیز یکى از حجرات مسجد به نام صومعه امام رضا شناخته مى‌شود.این مسجد درسال1087 بازسازى شده است. سنگى در صومعه وجود دارد با این عبارت:وقف کرد بر صومعه متبرکه امام على موسى الرضا میرک شربت دار فى تاریخ سنة 937.
دو سنگ‌نبشته یکى با تاریخ 516 در موزه آستان قدس مشهد و دیگرى با تاریخ 547 در موزه فریر گالرى واشنگتن مربوط به مسجد مشهد امام رضا موجود است که هر دو نشانى است از قدمگاه‌هاى یزد و دیگر حضور تشیع در این دیار.متن هر دو سنگ را آقاى افشار چاپ کرده‌اند.در پایان آن آمده است:هذا مقام الرضا علیه السلم اقبل على صلوتک و لاتکن من الغافلین شعبان سنة ستة عشر و خمس...امر بعمارة هذا المسجد المعروف بمشهدعلى بن موسى الرضا علیه السلام العبد المذنب الفقیر الى رحمة الله تعالى جنید بن عمار برالفاد.تاریخ آن نیز547 است.
مسجد دیگرى با نام «مسجد قدمگاه» در شهر یزد در محله مالمیر خارج حصار وجود دارد.
در روستاى بافران در پنج کیلومترى نائین درختى وجود دارد که مردم آن را موم رضا مى‌نامند و چنین شهرت دارد که امام رضا(ع) زیر این درخت غذا تناول فرموده‌اند.مردم هم در روز عاشورا و بیست و یکم رمضان در آنجا جمع مى‌شوند.گفته شده که شاه عباس هم در آنجا بنایى ساخته بوده است.در خود نائین هم قدمگاه مسجد قدیمان وجود دارد.گفته شده که حضرت در این مسجد نماز خوانده است.ایضاً در نائین حمام و مسجد امام رضا وجود دارد که گفته شده حضرت در آنجا استحمام نموده و در مسجد نماز خوانده است.این دو در محله گودالو در نائین قرار دارند.در پشت مسجد کلوان هم قدمگاهى وجود دارد که منسوب به امام رضاست.

رافعى نوشته است که قد اشتهر اجتیاز على بن موسى الرضا بقزوین و یقال انه کان مستخفیا فى دار داود بن سلیمان غازى.شهرت دارد که على بن موسى الرضا از قزوین عبور کرده و گفته شده که در خانه داود بن سلیمان غازى پنهان بوده است.گویا کسى در این نکته تردید ندارد که مسیر امام در سفر به خراسان از قزوین نبوده است.نیز گزارش شده است که امام رضا(ع) از نطنز گذشته و محلى که اکنون به نام قدمگاه على(ع) شهرت دارد مربوط به توقف امام رضا(ع) در این شهر است.
همچنین گزارش شده است که امام رضا(ع) از دامغان گذشته و در محلى با نام آهوان،چند آهو خدمت آن حضرت رسیده‌اند.

ورود امام رضا(ع)به نیشابور در منابع فراوانى آمده است.شیخ صدوق از ورود آن حضرت به محله «فُـزْ» در نیشابور یاد کرده ونوشته است که تاکنون(نیمه دوم قرن چهارم)در آن محل حمامى بنا شده که به حمام رضا مشهور است.همچنین در بیست و شش کیلومترى نیشابور قدمگاه معروف منسوب به امام رضا(ع) موجود است و به این نام شهرت دارد.جایى هم با نام عین الرضا در محلى با نام حمراء شناخته شده بوده است.از جایى نیز با نام پسنده،که محل اقامت امام بوده و ایشان از آن راضى بوده و به همین دلیل از آن با عنوان پسنده یاد شده نام برده شده است.در مرو نیز نقطه‌ای وجود دارد که تا به امروز،به عنوان محل اقامت امام رضا(ع)در این شهر معرفی می‌شود.